Aritalab:Lecture/NetworkBiology/Overview
From Metabolomics.JP
Contents |
概要
ネットワーク生物学の歴史
- 1990s 後半
- ページランクアルゴリズム (Brin & Page)、HITSアルゴリズム (Kleinberg)によるハブの解析
- スケールフリーネットワークの生成モデル (Barabasi & Albert)
- スモールワールドネットワークの生成モデル (Watts & Strogatz)
- 2000s 前半
- 代謝、タンパク質ネットワークのスケールフリー性 (Barabasi et al.)
- ネットワークモチーフ、モジュラリティ (Alon)
- システム生物学 (Kitano)
- 2000s 後半
- 様々なネットワーク指標
- 遺伝子ネットワーク、感染ネットワーク等のスケールフリー性
ネットワーク解析の手法
生成モデル
- Erdos-Renyi モデル
- Barabasi-Albert モデル
- Watts-Strogatz モデル
ネットワークの特徴量
- Centrality ... degree, closeness, betweenness
- Prestage ... degree, proximity, rank
相転移、臨界現象
- パーコレーション
- クラスターと浸透確率 （一次元、ベーテ格子）
- ネットワーク上のパーコレーション
ダイナミクス
- マルコフ連鎖
- マルコフ連鎖の定義
- 生成消滅過程
- グラフ上のランダムウォーク
