Aritalab:Lecture/NetworkBiology/Software

ソフトウェア

Pajek

利用法

1. Pajekのサイトから最新版をダウンロードしてインストールします
2. 同じくPajekのデータサイトから、酵母のタンパク質相互作用データをダウンロードして解凍します (.net ファイル)
3. Pajek を起動し、File → Network → Read から、解凍して出てきた yeast/YeastL.net データを読み込んでみましょう
4. Draw → Draw を選択して描画します。最初は、円周上にびっしりリンクが並んだ画像が出てきます
5. Layout メニューから描画アルゴリズムを変更してみます
6. 気に入ったレイアウトがあれば、Export → 2D → Bitmap にして出力します

解析法

• 頂点をつまんで移動させることができ、色や表示方法は Option メニューで変更できます
• Net → Partitions → Degree → All を選択して、各頂点の次数を計算します。計算結果は Info → Partition や、File → Partition → Edit で見られます
• Net → Vector → Clustering Coefficients → CC1 で、クラスター係数を計算します。結果は Info → Vector で見られます
• Net → Path → All shortest で全頂点間の最短経路を計算します

自分のデータを処理する

• Pajekのサイトに、エクセルデータを .net 形式に変換するプログラムも用意されています

マニュアル、参考書

とりあえずPajekのダウンロードサイトからたどれる日本語の解説などを眺めると良いでしょう。

• JAIST　佐藤さんによる PDF マニュアル が詳しくてお勧めです。
• Pajek の教科書　「Pajekを活用した社会ネットワーク分析」　Amazon.co.jp はPajekのメニューにある様々な用語の意味が分かりますが、生物学向けに使う人にとっては方向性が全く異なっています。