Aritalab:Lecture/NetworkBiology/Software
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# 同じく[http://vlado.fmf.uni-lj.si/pub/networks/data/bio/Yeast/Yeast.htm Pajekのデータサイト]から、酵母のタンパク質相互作用データをダウンロードして解凍します (.net ファイル) | # 同じく[http://vlado.fmf.uni-lj.si/pub/networks/data/bio/Yeast/Yeast.htm Pajekのデータサイト]から、酵母のタンパク質相互作用データをダウンロードして解凍します (.net ファイル) | ||
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# 気に入ったレイアウトがあれば、Export → 2D → Bitmap にして出力します | # 気に入ったレイアウトがあれば、Export → 2D → Bitmap にして出力します | ||
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* 頂点をつまんで移動させることができ、色や表示方法は Option メニューで変更できます | * 頂点をつまんで移動させることができ、色や表示方法は Option メニューで変更できます | ||
* Net → Partitions → Degree → All を選択して、各頂点の次数を計算します。計算結果は Info → Partition や、File → Partition → Edit で見られます | * Net → Partitions → Degree → All を選択して、各頂点の次数を計算します。計算結果は Info → Partition や、File → Partition → Edit で見られます | ||
Revision as of 12:00, 22 December 2011
Pajek
利用法
- Pajekのサイトから最新版をダウンロードしてインストールします
- 同じくPajekのデータサイトから、酵母のタンパク質相互作用データをダウンロードして解凍します (.net ファイル)
- Pajek を起動し、File → Network → Read から、解凍して出てきた yeast/YeastL.net データを読み込んでみましょう
- Draw → Draw を選択して描画します。最初は、円周上にびっしりリンクが並んだ画像が出てきます
- Layout メニューから描画アルゴリズムを変更してみます
- 気に入ったレイアウトがあれば、Export → 2D → Bitmap にして出力します
- レイアウトの調整
- 頂点をつまんで移動させることができ、色や表示方法は Option メニューで変更できます
- Net → Partitions → Degree → All を選択して、各頂点の次数を計算します。計算結果は Info → Partition や、File → Partition → Edit で見られます
- Net → Vector → Clustering Coefficients → CC1 で、クラスター係数を計算します。結果は Info → Vector で見られます
- Net → Path → All shortest で全頂点間の最短経路を計算します
- 自分のデータを処理する
- Pajekのサイトに、エクセルデータを .net 形式に変換するプログラムも用意されています
- マニュアル、参考書
とりあえずPajekのダウンロードサイトからたどれる日本語の解説などを眺めると良いでしょう。
- JAIST 佐藤さんによる PDF マニュアル が詳しくてお勧めです。
- Pajek の教科書 「Pajekを活用した社会ネットワーク分析」 Amazon.co.jp はPajekのメニューにある様々な用語の意味が分かりますが、生物学向けに使う人にとっては方向性が全く異なっています。
