Aritalab:Lecture/NetworkBiology/Software
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| − | * JAIST 佐藤さんによる [http://ds9.jaist.ac.jp:8080/ResearchData/presen/Pajekman.pdf PDF マニュアル] | + | * JAIST 佐藤さんによる [http://ds9.jaist.ac.jp:8080/ResearchData/presen/Pajekman.pdf PDF マニュアル] が詳しくてお勧めです。 |
| − | * Pajek の教科書 「Pajekを活用した社会ネットワーク分析」 [http://www.amazon.co.jp/Pajek%E3%82%92%E6%B4%BB%E7%94%A8%E3%81%97%E3%81%9F%E7%A4%BE%E4%BC%9A%E3%83%8D%E3%83%83%E3%83%88%E3%83%AF%E3%83%BC%E3%82%AF%E5%88%86%E6%9E%90-%E3%82%A6%E3%82%AA%E3%82%A6%E3%82%BF%E3%83%BC%E3%83%BB%E3%83%87%E3%83%8E%E3%83%BC%E3%82%A4/dp/4501547103 Amazon.co.jp] | + | * Pajek の教科書 「Pajekを活用した社会ネットワーク分析」 [http://www.amazon.co.jp/Pajek%E3%82%92%E6%B4%BB%E7%94%A8%E3%81%97%E3%81%9F%E7%A4%BE%E4%BC%9A%E3%83%8D%E3%83%83%E3%83%88%E3%83%AF%E3%83%BC%E3%82%AF%E5%88%86%E6%9E%90-%E3%82%A6%E3%82%AA%E3%82%A6%E3%82%BF%E3%83%BC%E3%83%BB%E3%83%87%E3%83%8E%E3%83%BC%E3%82%A4/dp/4501547103 Amazon.co.jp] はPajekのメニューにある様々な用語の意味が分かりますが、生物学向けに使う人にとっては方向性が全く異なっています。 |
Revision as of 16:46, 26 May 2011
ソフトウェア
Pajek
- 利用法
- Pajekのサイトから最新版をダウンロードしてインストールします
- 同じくPajekのデータサイトから、酵母のタンパク質相互作用データをダウンロードして解凍します (.net ファイル)
- Pajek を起動し、File → Network → Read から、解凍して出てきた yeast/YeastL.net データを読み込んでみましょう
- Draw → Draw を選択して描画します。最初は、円周上にびっしりリンクが並んだ画像が出てきます
- Layout メニューから描画アルゴリズムを変更してみます
- 気に入ったレイアウトがあれば、Export → 2D → Bitmap にして出力します
- 解析法
- 頂点をつまんで移動させることができ、色や表示方法は Option メニューで変更できます
- Net → Partitions → Degree → All を選択して、各頂点の次数を計算します。計算結果は Info → Partition や、File → Partition → Edit で見られます
- Net → Vector → Clustering Coefficients → CC1 で、クラスター係数を計算します。結果は Info → Vector で見られます
- Net → Path → All shortest で全頂点間の最短経路を計算します
- 自分のデータを処理する
- Pajekのサイトに、エクセルデータを .net 形式に変換するプログラムも用意されています
- マニュアル、参考書
とりあえずPajekのダウンロードサイトからたどれる日本語の解説などを眺めると良いでしょう。
- JAIST 佐藤さんによる PDF マニュアル が詳しくてお勧めです。
- Pajek の教科書 「Pajekを活用した社会ネットワーク分析」 Amazon.co.jp はPajekのメニューにある様々な用語の意味が分かりますが、生物学向けに使う人にとっては方向性が全く異なっています。
