Aritalab:Lecture/NetworkBiology/Software
From Metabolomics.JP
< Aritalab:Lecture | NetworkBiology(Difference between revisions)
m (Created page with "==ソフトウェア== ===Pajek=== ;利用法 # [http://vlado.fmf.uni-lj.si/pub/networks/pajek/ Pajekのサイト]から最新版をダウンロードしてインストールす...") |
m |
||
Line 3: | Line 3: | ||
===Pajek=== | ===Pajek=== | ||
;利用法 | ;利用法 | ||
− | # [http://vlado.fmf.uni-lj.si/pub/networks/pajek/ Pajekのサイト] | + | # [http://vlado.fmf.uni-lj.si/pub/networks/pajek/ Pajekのサイト]から最新版をダウンロードしてインストールします |
− | # 同じく[http://vlado.fmf.uni-lj.si/pub/networks/data/bio/Yeast/Yeast.htm Pajekのデータサイト] | + | # 同じく[http://vlado.fmf.uni-lj.si/pub/networks/data/bio/Yeast/Yeast.htm Pajekのデータサイト]から、酵母のタンパク質相互作用データをダウンロードして解凍します (.net ファイル) |
# Pajek を起動し、File → Network → Read から、解凍して出てきた yeast/YeastL.net データを読み込んでみましょう | # Pajek を起動し、File → Network → Read から、解凍して出てきた yeast/YeastL.net データを読み込んでみましょう | ||
− | # Draw → Draw | + | # Draw → Draw を選択して描画します。最初は、円周上にびっしりリンクが並んだ画像が出てきます |
− | # Layout | + | # Layout メニューから描画アルゴリズムを変更してみます |
− | # 気に入ったレイアウトがあれば、Export → 2D → Bitmap | + | # 気に入ったレイアウトがあれば、Export → 2D → Bitmap にして出力します |
Revision as of 14:30, 26 May 2011
ソフトウェア
Pajek
- 利用法
- Pajekのサイトから最新版をダウンロードしてインストールします
- 同じくPajekのデータサイトから、酵母のタンパク質相互作用データをダウンロードして解凍します (.net ファイル)
- Pajek を起動し、File → Network → Read から、解凍して出てきた yeast/YeastL.net データを読み込んでみましょう
- Draw → Draw を選択して描画します。最初は、円周上にびっしりリンクが並んだ画像が出てきます
- Layout メニューから描画アルゴリズムを変更してみます
- 気に入ったレイアウトがあれば、Export → 2D → Bitmap にして出力します