Latest revision as of 16:23, 9 June 2011

[edit] メタボロミクス

[edit] 代謝マップをみるソフトウェア

[edit] Kappa View4

かずさDNA研究所が開発するカッパビューは、植物の代謝ネットワークに遺伝子発現量を投影して解析できるソフトウェアです。

マニュアルはこちら

基本的使い方

サイトからEnterボタンをおしてMap View画面に移動。
左のメニューから代謝経路を選択し、Select Speciesボタンを押す。
植物種を1つ選択し、Redrawボタンを押す。
代謝マップの各酵素に対応する遺伝子番号がわかります。

自分で解析した遺伝子発現量を貼り付ける

上のメニューからTemporary Upload を選び、Sample File Download してみる。
サンプルファイルの中身でトランスクリプトームデータ (遺伝子発現量が載せてある .csv ファイル) を確認してアップロードする。
1. ファイル内容は発現量のテキスト形式です。エクセル形式なので作るのも簡単です。

At1g01010	-0.828475158	0.646901298	-1.190483883	-1.077241722	-1.152334507	-1.010858208	0

1. 遺伝子発現量のほかに代謝物や遺伝子発現の相関を可視化することもできます。
上のメニューからAnalysisを選び、発現量を見たいセットを選択する。
選択したセットを描画する。

[edit] KEGG

京都大学が開発する世界で最も有名な代謝マップデータベースですが、７月から有償化するらしく問題視されています。単純なキーワード検索やゲノム情報を探すなら、ここが一番便利です。

[edit] BioJs

ロッシュ社（以前はベーリンガーマンハイム社）が提供する代謝マップを、Ａｊａｘ技術でマウスドラッグできるようにしたサイト。同じ代謝マップがExPASyにもありますが、こちらのほうが便利だと思います。

[edit] 化合物のデータベース

[edit] PubChem

米国ＮＩＨが力を入れるプロジェクトで、数百万化合物が登録されています。多くの重複がありますが、化合物の物理化学的特徴も入っていて便利です。

[edit] ChemSpider

英国の王立化学会(ROC)が力を入れるプロジェクトで、ウェブ中のサイトを網羅してまとめ上げているサイトです。検索に時間がかかるのが難点ですが、得られるデータ量は多いです。

[edit] BioSpider

カナダのアルバータ大学が作成するChemSpiderの生化学版です。検索に恐ろしく時間がかかるのが難点です。NIHやRSCのような後ろ盾がないと、こうしたサービスは難しいと考えさせられます。

[edit] 日化辞

日本でＪＳＴが作り上げてきた化合物辞書です。和名が入っているのが一番の強みです。

[edit] KNApSAcK

奈良先端科学技術大学院大学が開発する、天然物の無償データベースです。

core ... 植物の学名や代謝物名で検索し、「学名：含まれる代謝物名」がわかるデータベースです。5万化合物の10万関係が登録されています
lunchbox ... 食品の学名がわかるデータベースです
world ... 国旗をクリックすると、その国で分析された植物種がわかります
　まだまだいろいろあります

[edit] 質量スペクトルのデータベース

[edit] MetLin

米国スクリップス研究所が作成するESI-MSスペクトルライブラリです。大変よく整備されており、ウェブ上で化合物のスペクトルを眺めて勉強になります。

[edit] NIST/AMDIS

米国NISTが作成する標準的なGC-EI-MSスペクトルライブラリです。有償です。GC/MS解析をする人は必ず購入するデータベースです。

[edit] MassBank

日本で開発する研究室の間で質量スペクトルを共有するためのリポジトリです。

[edit] プロテオミクス

[edit] コンソーシアム

[edit] ヒトプロテオーム機構

ヒトゲノム機構 (HUGO)　にならって結成された組織。雑誌"Molecular & Cellular Proteomics"を発刊。下記の国際プロジェクトを取りまとめている。

ヒト血漿プロテオームプロジェクト Omenn et al.^[1]
ヒト腎臓・尿プロテオームプロジェクト
- 尿測定におけるプロトコル
- 尿のタンパク質はクレアチニン濃度で補正し、比較。タンパク質の精製には4倍量アルコール／アセトンをいれて低温放置後遠心分離。(回収率85-90%)
ヒト脳プロテオームプロジェクト
などなど

[edit] インタラクトーム

Genome Network Platform 複数のデータベースを統合したサイト
HPRD

実験的に同定されたタンパク質相互作用のデータベース

計算機により予測されるタンパク質相互作用

String

[edit] MS/MS解析

[edit] ペプチド

[edit] Peptide Atlas

システムバイオロジー研究所（シアトル）が提供する、真核細胞のMS/MS実測ペプチドデータベース。スペクトル自体はSBEAMS　に格納。データのダウンロードも可能。

[edit] Pride

ＥＢＩが提供するデータベース。ペプチド配列で検索するオプションは無い。

References

↑ Omenn GS et al 2005 "Overview of the HUPO Plasma Proteome Project: Results from the pilot phase with 35 collaborating laboratories and multiple analytical groups, generating a core dataset of 3020 proteins and a publicly-available database" Proteomics 5:3226-3245

[0] Omenn GS et al 2005 "Overview of the HUPO Plasma Proteome Project: Results from the pilot phase with 35 collaborating laboratories and multiple analytical groups, generating a core dataset of 3020 proteins and a publicly-available database" Proteomics 5:3226-3245

[1]

@@ Line 1: / Line 1: @@
+=メタボロミクス=
 ==代謝マップをみるソフトウェア==
 ===[http://kpv.kazusa.or.jp/kpv4/ Kappa View4]===
 かずさDNA研究所が開発するカッパビューは、植物の代謝ネットワークに遺伝子発現量を投影して解析できるソフトウェアです。
@@ Line 26: / Line 26: @@
 京都大学が開発する世界で最も有名な代謝マップデータベースですが、７月から有償化するらしく問題視されています。
 単純なキーワード検索やゲノム情報を探すなら、ここが一番便利です。
+===[http://www.biojs.org/index_jp.html BioJs]===
+ロッシュ社（以前はベーリンガーマンハイム社）が提供する代謝マップを、Ａｊａｘ技術でマウスドラッグできるようにしたサイト。
+同じ代謝マップが[http://www.expasy.org/cgi-bin/show_thumbnails.pl ExPASy]にもありますが、こちらのほうが便利だと思います。
 ==化合物のデータベース==
@@ Line 32: / Line 36: @@
 ===[http://www.chemspider.com/ ChemSpider]===
-英国の王立科学会が力を入れるプロジェクトで、ウェブ中のサイトを網羅してまとめ上げているサイトです。検索に非常に時間がかかるのが難点ですが、得られるデータ量は多いです。
+英国の王立化学会(ROC)が力を入れるプロジェクトで、ウェブ中のサイトを網羅してまとめ上げているサイトです。検索に時間がかかるのが難点ですが、得られるデータ量は多いです。
+===[http://biospider.ca BioSpider]===
+カナダのアルバータ大学が作成するChemSpiderの生化学版です。検索に恐ろしく時間がかかるのが難点です。NIHやRSCのような後ろ盾がないと、こうしたサービスは難しいと考えさせられます。
 ===[http://nikkajiweb.jst.go.jp/nikkaji_web/pages/top.html 日化辞]===
@@ Line 46: / Line 53: @@
 ==質量スペクトルのデータベース==
+===[http://metlin.scripps.edu/ MetLin]===
+米国スクリップス研究所が作成するESI-MSスペクトルライブラリです。大変よく整備されており、ウェブ上で化合物のスペクトルを眺めて勉強になります。
+===[http://www.nist.gov/std/nist1a.htm NIST/AMDIS]===
+米国NISTが作成する標準的なGC-EI-MSスペクトルライブラリです。有償です。GC/MS解析をする人は必ず購入するデータベースです。
 ===[http://massbank.jp/ MassBank]===
-研究室の間で質量スペクトルを共有するためのリポジトリです。
+日本で開発する研究室の間で質量スペクトルを共有するためのリポジトリです。
+=プロテオミクス=
+==コンソーシアム==
+===[http://www.hupo.org/ ヒトプロテオーム機構]===
+ヒトゲノム機構 ([http://www.hugo.org/ HUGO])　にならって結成された組織。雑誌"Molecular & Cellular Proteomics"を発刊。
+下記の国際プロジェクトを取りまとめている。
+* ヒト血漿プロテオームプロジェクト Omenn et al.<ref>Omenn GS et al 2005 "Overview of the HUPO Plasma Proteome Project: Results from the pilot phase with 35 collaborating laboratories and multiple analytical groups, generating a core dataset of 3020 proteins and a publicly-available database" ''Proteomics'' [http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/pmic.200500358/pdf 5:3226-3245]</ref>
+* [http://www.hkupp.org/ ヒト腎臓・尿プロテオームプロジェクト]
+** 尿測定における[http://www.hkupp.org/Urine%20collectiion%20Documents.htm プロトコル]
+** 尿のタンパク質はクレアチニン濃度で補正し、比較。タンパク質の精製には4倍量アルコール／アセトンをいれて低温放置後遠心分離。(回収率85-90%)
+* ヒト脳プロテオームプロジェクト
+* などなど
+==インタラクトーム==
+* [http://genomenetwork.nig.ac.jp Genome Network Platform] 複数のデータベースを統合したサイト
+* [http://www.hprd.org HPRD]
+;実験的に同定されたタンパク質相互作用のデータベース
+* [http://www.ebi.ac.uk/intact IntAct]
+* [http://www.pubgene.org PubGene]
+* [http://mint.bio.uniroma2.it/mint MINT]
+;計算機により予測されるタンパク質相互作用
+* [http://string.embl.de String]
+==MS/MS解析==
+* [http://www.thegpm.org/TANDEM X!Tandem]
+* [http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/omssa OMSSA]
+* [http://greylag.org GreyLag]
+* [http://fenchurch.mc.vanderbilt.edu/lab/software.php MyriMatch]
+* [http://proteomics.ucsd.edu/Software/Inspect.html Inspect]
+==ペプチド==
+===[http://www.peptideatlas.org/ Peptide Atlas]===
+システムバイオロジー研究所（シアトル）が提供する、真核細胞のMS/MS実測ペプチドデータベース。スペクトル自体は[http://www.sbeams.org/Proteomics/ SBEAMS]　に格納。データのダウンロードも可能。
+===[http://www.ebi.ac.uk/pride/ Pride]===
+ＥＢＩが提供するデータベース。ペプチド配列で検索するオプションは無い。
+;References
+<references/>

Aritalab:Lecture/Biochem/Database