Aritalab:Lecture/Biochem/Database

Revision as of 17:01, 2 June 2011

代謝マップをみるソフトウェア

Kappa View4

かずさDNA研究所が開発するカッパビューは、植物の代謝ネットワークに遺伝子発現量を投影して解析できるソフトウェアです。

マニュアルはこちら

基本的使い方

1. サイトからEnterボタンをおしてMap View画面に移動。
2. 左のメニューから代謝経路を選択し、Select Speciesボタンを押す。
3. 植物種を1つ選択し、Redrawボタンを押す。
4. 代謝マップの各酵素に対応する遺伝子番号がわかります。

自分で解析した遺伝子発現量を貼り付ける

1. 上のメニューからTemporary Upload を選び、Sample File Download してみる。
2. サンプルファイルの中身でトランスクリプトームデータ (遺伝子発現量が載せてある .csv ファイル) を確認してアップロードする。
   1. ファイル内容は発現量のテキスト形式です。エクセル形式なので作るのも簡単です。

At1g01010	-0.828475158	0.646901298	-1.190483883	-1.077241722	-1.152334507	-1.010858208	0

1. 1. 遺伝子発現量のほかに代謝物や遺伝子発現の相関を可視化することもできます。
2. 上のメニューからAnalysisを選び、発現量を見たいセットを選択する。
3. 選択したセットを描画する。

KEGG

京都大学が開発する世界で最も有名な代謝マップデータベースですが、７月から有償化するらしく問題視されています。 単純なキーワード検索やゲノム情報を探すなら、ここが一番便利です。

BioJs

ロッシュ社（以前はベーリンガーマンハイム社）が提供する代謝マップを、Ａｊａｘ技術でマウスドラッグできるようにしたサイト。 同じ代謝マップがExPASyにもありますが、こちらのほうが便利だと思います。

化合物のデータベース

PubChem

米国ＮＩＨが力を入れるプロジェクトで、数百万化合物が登録されています。多くの重複がありますが、化合物の物理化学的特徴も入っていて便利です。

ChemSpider

英国の王立化学会(ROC)が力を入れるプロジェクトで、ウェブ中のサイトを網羅してまとめ上げているサイトです。検索に時間がかかるのが難点ですが、得られるデータ量は多いです。

BioSpider

カナダのアルバータ大学が作成するChemSpiderの生化学版です。検索に恐ろしく時間がかかるのが難点です。NIHやRSCのような後ろ盾がないと、こうしたサービスは難しいと考えさせられます。

日化辞

日本でＪＳＴが作り上げてきた化合物辞書です。和名が入っているのが一番の強みです。

KNApSAcK

奈良先端科学技術大学院大学が開発する、天然物の無償データベースです。

• core ... 植物の学名や代謝物名で検索し、「学名：含まれる代謝物名」 がわかるデータベースです。5万化合物の10万関係が登録されています
• lunchbox ... 食品の学名がわかるデータベースです
• world ... 国旗をクリックすると、その国で分析された植物種がわかります
• 　まだまだいろいろあります

質量スペクトルのデータベース

MetLin

米国スクリップス研究所が作成するESI-MSスペクトルライブラリです。大変よく整備されており、ウェブ上で化合物のスペクトルを眺めて勉強になります。

NIST/AMDIS

米国NISTが作成する標準的なGC-EI-MSスペクトルライブラリです。有償です。GC/MS解析をする人は必ず購入するデータベースです。

MassBank

日本で開発する研究室の間で質量スペクトルを共有するためのリポジトリです。