Aritalab:Lecture/Bioinformatics

生物情報学基礎論I

【授業計画】　各回の主テーマと、カッコ内に具体的なトピックを記す。

1. ガイダンス　（バイオインフォマティクスとは何か）[有田]
   1. フィボナッチ数列
2. アルゴリズムと計算量　（計算量の記法、アルゴリズムの定義）[有田]
3. 分子生物学の基礎　（配列情報と生物学の関係）[有田]
4. 全解探索　（制限酵素マッピング、モチーフ探索）[有田]
5. 貪欲アルゴリズム　（ゲノムリアレンジメント、リバーサル）[笠原]
6. 動的計画法　（編集距離とアライメント、スコア行列）[笠原]
7. 動的計画法その２　（各種アライメント、最適化への応用）[笠原]
8. 分割統治法　（ブロックアライメント）[木立]
9. グラフアルゴリズム　（ハミルトン経路、タンパク質アラインメント）[笠原]
10. 組み合わせパターンマッチング　（ハッシュ、接尾辞木、接尾辞行列）[笠原]
11. クラスタリングと系統樹　（系統樹の構築と最適化の基準）[木立]
12. 隠れマルコフモデル　（ＨＭＭ，ＨＭＭアライメント）[木立]
13. 乱択アルゴリズム　（ギブスサンプラー）[木立]

教科書

“An Introduction to Bioinformatics Algorithms” Jones and Pevzner (MIT Press) 「バイオインフォマティクスのためのアルゴリズム入門」Jones and Pevzner（著）、渋谷・坂内（訳）共立出版

評価方法

出席及び筆記試験