Aritalab:Lecture/Bioinformatics
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| − | #<s>分子生物学の基礎 （配列情報と生物学の関係）</s> | + | #<s>分子生物学の基礎 （配列情報と生物学の関係）</s> |
| − | #全解探索 （制限酵素マッピング、モチーフ探索） | + | #全解探索 （制限酵素マッピング、モチーフ探索）<br/>教科書にある全解探索の見積もり方法を理解しておきましょう。 |
## [[Aritalab:Lecture/Bioinformatics/PartialDigestion|制限酵素マッピング]] | ## [[Aritalab:Lecture/Bioinformatics/PartialDigestion|制限酵素マッピング]] | ||
## [[Aritalab:Lecture/Bioinformatics/MotifFinding|モチーフ発見]] | ## [[Aritalab:Lecture/Bioinformatics/MotifFinding|モチーフ発見]] | ||
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#貪欲アルゴリズム （ゲノムリアレンジメント、リバーサル）[笠原] | #貪欲アルゴリズム （ゲノムリアレンジメント、リバーサル）[笠原] | ||
#動的計画法 （編集距離とアライメント、スコア行列）[笠原] | #動的計画法 （編集距離とアライメント、スコア行列）[笠原] | ||
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#隠れマルコフモデル （ＨＭＭ，ＨＭＭアライメント）[木立] | #隠れマルコフモデル （ＨＭＭ，ＨＭＭアライメント）[木立] | ||
#乱択アルゴリズム （ギブスサンプラー）[木立] | #乱択アルゴリズム （ギブスサンプラー）[木立] | ||
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==教科書== | ==教科書== | ||
Revision as of 13:33, 2 June 2011
生物情報学基礎論I
- 【授業計画】 各回の主テーマと、カッコ内に具体的なトピックを記します。
まだ資料を作成中で夏以降に決定します。
- ガイダンス （バイオインフォマティクスとは何か）
- アルゴリズムと計算量 （計算量の記法、アルゴリズムの定義）
分子生物学の基礎 （配列情報と生物学の関係）- 全解探索 （制限酵素マッピング、モチーフ探索）
教科書にある全解探索の見積もり方法を理解しておきましょう。
教科書
“An Introduction to Bioinformatics Algorithms” Jones and Pevzner (MIT Press) 「バイオインフォマティクスのためのアルゴリズム入門」 Jones and Pevzner（著）、渋谷・坂内（訳）共立出版
評価方法
出席及び筆記試験。試験問題は授業を担当する各先生が作成します。
２０１０年度の試験日は、２月２８日です。（１４：４０スタート） (last updated 1/28)
- 有田部分は、テキストに載っている簡単な事項に加え、授業内で解説した本ウェブサイト上の内容から出題します。ただし、Cookの定理の詳細と、授業で説明していないのにウェブ上で説明されている事項（例えばチューリング機械の等価性）に関する出題はありません。
- 早めに成績評価が必要な上級生へ (last updated 1/28)
４年生の人で卒業単位の判定が２月上旬になる場合、以下の問題を解いたレポートを有田まで送ってください。単位の判定に間に合うように成績を評価します。
- Problem 5.17
- Problem 6.28
- Problem 8.13
- Problem 9.9
- Problem 10.14
