Aritalab:Lecture/Bioinformatics
From Metabolomics.JP
< Aritalab:Lecture(Difference between revisions)
(→生物情報学基礎論I) |
m (→評価方法) |
||
Line 24: | Line 24: | ||
[http://www.amazon.co.jp/%E3%83%90%E3%82%A4%E3%82%AA%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%83%95%E3%82%A9%E3%83%9E%E3%83%86%E3%82%A3%E3%82%AF%E3%82%B9%E3%81%AE%E3%81%9F%E3%82%81%E3%81%AE%E3%82%A2%E3%83%AB%E3%82%B4%E3%83%AA%E3%82%BA%E3%83%A0%E5%85%A5%E9%96%80-Pavel-Pevzner/dp/4320056507 「バイオインフォマティクスのためのアルゴリズム入門」] Jones and Pevzner(著)、渋谷・坂内(訳)共立出版 | [http://www.amazon.co.jp/%E3%83%90%E3%82%A4%E3%82%AA%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%83%95%E3%82%A9%E3%83%9E%E3%83%86%E3%82%A3%E3%82%AF%E3%82%B9%E3%81%AE%E3%81%9F%E3%82%81%E3%81%AE%E3%82%A2%E3%83%AB%E3%82%B4%E3%83%AA%E3%82%BA%E3%83%A0%E5%85%A5%E9%96%80-Pavel-Pevzner/dp/4320056507 「バイオインフォマティクスのためのアルゴリズム入門」] Jones and Pevzner(著)、渋谷・坂内(訳)共立出版 | ||
==評価方法== | ==評価方法== | ||
− | + | 出席及び筆記試験。試験問題は授業を担当する各先生が作成します。 | |
+ | * 有田部分は、テキストに載っている簡単な事項に加え、授業内で解説した本ウェブサイト上の内容から出題します。ただし、Cookの定理の詳細と、授業で説明していないのにウェブ上で説明されている事項(例えばチューリング機械の等価性)に関する出題はありません。 |
Revision as of 16:31, 1 November 2010
生物情報学基礎論I
- 【授業計画】 各回の主テーマと、カッコ内に具体的なトピックを記す。
- ガイダンス (バイオインフォマティクスとは何か)[有田]
- アルゴリズムと計算量 (計算量の記法、アルゴリズムの定義)[有田]
分子生物学の基礎 (配列情報と生物学の関係)[有田]- 全解探索 (制限酵素マッピング、モチーフ探索)[有田]
- 貪欲アルゴリズム (ゲノムリアレンジメント、リバーサル)[笠原]
- 動的計画法 (編集距離とアライメント、スコア行列)[笠原]
- 動的計画法その2 (各種アライメント、最適化への応用)[笠原]
- 分割統治法 (ブロックアライメント)[木立]
- グラフアルゴリズム (ハミルトン経路、タンパク質アラインメント)[笠原]
- 組み合わせパターンマッチング (ハッシュ、接尾辞木、接尾辞行列)[笠原]
- クラスタリングと系統樹 (系統樹の構築と最適化の基準)[木立]
- 隠れマルコフモデル (HMM,HMMアライメント)[木立]
- 乱択アルゴリズム (ギブスサンプラー)[木立]
教科書
“An Introduction to Bioinformatics Algorithms” Jones and Pevzner (MIT Press) 「バイオインフォマティクスのためのアルゴリズム入門」 Jones and Pevzner(著)、渋谷・坂内(訳)共立出版
評価方法
出席及び筆記試験。試験問題は授業を担当する各先生が作成します。
- 有田部分は、テキストに載っている簡単な事項に加え、授業内で解説した本ウェブサイト上の内容から出題します。ただし、Cookの定理の詳細と、授業で説明していないのにウェブ上で説明されている事項(例えばチューリング機械の等価性)に関する出題はありません。