Aritalab:Lecture/Bioinformatics
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==教科書== | ==教科書== | ||
| − | “An Introduction to Bioinformatics Algorithms” Jones and Pevzner (MIT Press) | + | [http://www.amazon.com/Introduction-Bioinformatics-Algorithms-Computational-Molecular/dp/0262101068 “An Introduction to Bioinformatics Algorithms”] Jones and Pevzner (MIT Press) |
| − | + | [http://www.amazon.co.jp/%E3%83%90%E3%82%A4%E3%82%AA%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%83%95%E3%82%A9%E3%83%9E%E3%83%86%E3%82%A3%E3%82%AF%E3%82%B9%E3%81%AE%E3%81%9F%E3%82%81%E3%81%AE%E3%82%A2%E3%83%AB%E3%82%B4%E3%83%AA%E3%82%BA%E3%83%A0%E5%85%A5%E9%96%80-Pavel-Pevzner/dp/4320056507 「バイオインフォマティクスのためのアルゴリズム入門」] Jones and Pevzner（著）、渋谷・坂内（訳）共立出版 | |
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出席及び筆記試験 | 出席及び筆記試験 | ||
Revision as of 14:20, 18 October 2010
生物情報学基礎論I
- 【授業計画】 各回の主テーマと、カッコ内に具体的なトピックを記す。
- ガイダンス （バイオインフォマティクスとは何か）[有田]
- アルゴリズムと計算量 （計算量の記法、アルゴリズムの定義）[有田]
- 分子生物学の基礎 （配列情報と生物学の関係）[有田]
- 全解探索 （制限酵素マッピング、モチーフ探索）[有田]
- 貪欲アルゴリズム （ゲノムリアレンジメント、リバーサル）[笠原]
- 動的計画法 （編集距離とアライメント、スコア行列）[笠原]
- 動的計画法その２ （各種アライメント、最適化への応用）[笠原]
- 分割統治法 （ブロックアライメント）[木立]
- グラフアルゴリズム （ハミルトン経路、タンパク質アラインメント）[笠原]
- 組み合わせパターンマッチング （ハッシュ、接尾辞木、接尾辞行列）[笠原]
- クラスタリングと系統樹 （系統樹の構築と最適化の基準）[木立]
- 隠れマルコフモデル （ＨＭＭ，ＨＭＭアライメント）[木立]
- 乱択アルゴリズム （ギブスサンプラー）[木立]
教科書
“An Introduction to Bioinformatics Algorithms” Jones and Pevzner (MIT Press) 「バイオインフォマティクスのためのアルゴリズム入門」 Jones and Pevzner（著）、渋谷・坂内（訳）共立出版
評価方法
出席及び筆記試験
