Aritalab:Lecture/Biochem/Software
From Metabolomics.JP
< Aritalab:Lecture | Biochem(Difference between revisions)
m (Created page with "==シミュレーション== ===[http://www.celldesigner.org Cell Designer]=== 慶應義塾大学の舟橋さんが開発するエディタ兼シミュレータです。大変高...") |
m (→シミュレーション) |
||
| Line 2: | Line 2: | ||
===[http://www.celldesigner.org Cell Designer]=== | ===[http://www.celldesigner.org Cell Designer]=== | ||
慶應義塾大学の舟橋さんが開発するエディタ兼シミュレータです。大変高機能で使い勝手もよくできています。 | 慶應義塾大学の舟橋さんが開発するエディタ兼シミュレータです。大変高機能で使い勝手もよくできています。 | ||
| + | 主にシグナル伝達や大規模ネットワークの視覚化に用いられます。 | ||
;インストールの仕方 | ;インストールの仕方 | ||
# ウェブサイトからダウンロードのリンクをたどる | # ウェブサイトからダウンロードのリンクをたどる | ||
| Line 19: | Line 20: | ||
===[http://www.copasi.org/ Copasi]=== | ===[http://www.copasi.org/ Copasi]=== | ||
| − | VBIのPedro | + | VBIのPedro Mendesが中心に開発する代謝反応のシミュレータです。代謝のフラックスや定量シミュレーションに向いています。 |
| + | |||
| + | ===[http://www.genesis-sim.org/GENESIS/ GENESIS]=== | ||
| + | 神経科学の分野で20年以上にわたり使われ、開発されてきたシミュレータです。視覚的にはあまりぱっとしませんが、多くの神経生理学モデルが利用可能です。 | ||
Latest revision as of 17:12, 16 June 2011
Contents |
[edit] シミュレーション
[edit] Cell Designer
慶應義塾大学の舟橋さんが開発するエディタ兼シミュレータです。大変高機能で使い勝手もよくできています。 主にシグナル伝達や大規模ネットワークの視覚化に用いられます。
- インストールの仕方
- ウェブサイトからダウンロードのリンクをたどる
- 実行形式のファイルをクリックしてインストール、アイコンをクリックしてスタート
- サンプルファイルの実行
- File → Open で samples フォルダの中から適当なモデルを選びます。(MAPK.xml)
- 選んだモデルが画面に出てくるので、Simulation → Control Panel を出します
- Control Panel 内で、左上の実行時間 (End time) を 1000 にして実行し、概要を把握します
- モデルデータベースからのダウンロード
- EBI の BioModels データベース
- けっこう動かないモデルも多い
- モデルは Cell Designerの確認サイト から選ぶとよい
[edit] Cell Illustrator
東大医科研で開発するエディタ兼シミュレーターです。 シミュレーション機能を持つバージョンは有償のため、お勧めしません。
[edit] Copasi
VBIのPedro Mendesが中心に開発する代謝反応のシミュレータです。代謝のフラックスや定量シミュレーションに向いています。
[edit] GENESIS
神経科学の分野で20年以上にわたり使われ、開発されてきたシミュレータです。視覚的にはあまりぱっとしませんが、多くの神経生理学モデルが利用可能です。
