Doc:MassBank/PPR - Revision history

Adm at 01:30, 28 October 2010

2010-10-28T01:30:01Z

Adm at 05:50, 8 June 2009

2009-06-08T05:50:22Z

Adm at 05:48, 8 June 2009

2009-06-08T05:48:04Z

Adm at 05:45, 8 June 2009

2009-06-08T05:45:53Z

Adm at 04:04, 8 June 2009

2009-06-08T04:04:01Z

Adm at 13:51, 3 June 2009

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2009-06-03T13:48:55Z

Adm at 12:29, 3 June 2009

2009-06-03T12:29:08Z

Adm at 12:28, 3 June 2009

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Adm: Undo revision 208335 by Adm (Talk)

2009-06-03T12:26:56Z

Undo revision 208335 by Adm (Talk)

← Older revision		Revision as of 01:30, 28 October 2010
Line 1:		Line 1:
		+	{{MassBank/Header}}
	__NOTOC__		__NOTOC__
	=How to Create Precursor-Product Page=		=How to Create Precursor-Product Page=

@@ Line 118: / Line 118: @@
 {{#lua:
    ---print comments---
-   FORMULA_CHAR = "{{#var:FORMULA_CHAR}}"
+   FORMULA_CHAR = "CHFINOPSl0-9"
-   FORMULA_PAT = "{{#var:FORMULA_PAT}}"
+   FORMULA_PAT = "(C?[1-9]?[0-9]?)(H?[1-9]?[0-9]?)(C?l?[2-9]?)(F?[2-9]?)(I?[2-9]?)(N?[1-9]?[0-9]?)(O?[1-9]?[0-9]?)(P?[2-9]?)(S?[2-9]?)"
-   FORMULA_CHAR = "{{#var:FORMULA_CHAR}}"
+   ATOM = {"C", "H", "Cl", "F", "I", "N", "O", "P", "S"}
-  ATOM = {{#var:ATOM}}
+   MASS = {12, 1, 35, 19, 127, 14, 16, 31, 32}
-   MASS = {{#var:MASS}}
    function toFormula(t)

@@ Line 118: / Line 118: @@
 {{#lua:
    ---print comments---
-   FORMULA_CHAR = "CHFINOPSl0-9";
+   FORMULA_CHAR = "{{#var:FORMULA_CHAR}}"
    ret = ""
    comment = "";
@@ Line 129: / Line 156: @@
      if (h ~= nil and t ~= nil) then
        if (comment ~= "") then
-         ret = ret .."~-\n~~"..head.." ~~ "..tail.."\n~~ "..comment.."\n"
+         ret = ret .."~-\n~~"..head.." ('''"..mass(tail).."''')".." ~~ "..tail.." ('''"..mass(tail).."''')".."\n~~ "..comment.."\n"
          comment = ""
        end
@@ Line 139: / Line 166: @@
      until true
    end
    if (comment ~= "") then
-     ret = ret .. "~-\n~~"..head.." ~~ "..tail.."\n~~ "..comment.."\n"
+     ret = ret .. "~-\n~~"..head.." ('''"..mass(head).."''')".." ~~ "..tail.." ('''"..mass(tail).."''')".."\n~~ "..comment.."\n"
    end
    if (ret ~= "") then

@@ Line 18: / Line 18: @@
 <br/>
 ;Step3
-:ボタンを押した後に、以下に生成される文字列がページソースの基本です。新規作成したページのソースとしてSaveしてください。
+:ボタンを押した後に、以下に生成される文字列がページソースの基本です。新規作成したページのソースとしてSaveしてください。Internet Explorerでは行末にスペースが入ってしまいます。&&組成式&&組成式..&&となっているイオン列の行だけは、最後のスペースを除去して入力するようにお願いします。
 <nowiki>{{MassBank/Matrix|data=</nowiki><br/>

@@ Line 21: / Line 21: @@
 <nowiki>{{MassBank/Matrix|data=</nowiki><br/>
-{{#lua:
+{{#lua: <!----make sure that parameters are the same as in Template:MassBank/Matrix --->
    FORMULA_PAT = "(C?[1-9]?[0-9]?)(H?[1-9]?[0-9]?)(C?l?[2-9]?)(F?[2-9]?)(I?[2-9]?)(N?[1-9]?[0-9]?)(O?[1-9]?[0-9]?)(P?[2-9]?)(S?[2-9]?)";
    FORMULA_CHAR = "CHFINOPSl0-9";

@@ Line 96: / Line 96: @@
 &&C7H14NO3&&C7H11O3&&C5H8NO2&&C4H8NO2&&C7H13&&C4H10NO&&C6H11&&C6H7&&C4H7O&&C5H9&&C3H8N&&C4H7&&
-C7H14NO3:C7H11O3
+&&C7H14NO3:C7H11O3
 この行はコメントです。ソースを見てもらえればわかりますが、任意の行数を書くことができます。wikitableの中に配置するので、箇条書きや簡単な見出し表示
 #例えばこんな感じ
@@ Line 106: / Line 106: @@
 ただし、全てがwiki関数の中で処理されるため表などは作れません。もちろん英語表記もOKです。
 コメント中に使えない文字列は、半角の｜と～です。
-C7H14NO3:C4H8NO2 C4H10NO C3H8NP
+&&C7H14NO3: C4H8NO2 C4H10NO C3H8NP
-C4H10NO: C3H8N
+&&C4H10NO: C3H8N
 この行はコメントです。
-C4H10NO: C4H7
+&&C4H10NO: C4H7
 この行は再びコメントです。PPテーブルとwikiテーブルは親イオンに相当する最左列を縦にまとめて表示しない点が異なりますが、まとめてしまうと表全体を列毎にソートすることができないので、縦に列をまとめない仕様にしています。
 }}
@@ Line 149: / Line 149: @@
 &&C7H14NO3&&C7H11O3&&C5H8NO2&&C4H8NO2&&C7H13&&C4H10NO&&C6H11&&C6H7&&C4H7O&&C5H9&&C3H8N&&C4H7&&
-C7H14NO3:C7H11O3
+&&C7H14NO3:C7H11O3
 この行はコメントです。ソースを見てもらえればわかりますが、任意の行数を書くことができます。wikitableの中に配置するので、箇条書きや簡単な見出し表示
 #例えばこんな感じ
@@ Line 159: / Line 159: @@
 ただし、全てがwiki関数の中で処理されるため表などは作れません。もちろん英語表記もOKです。
 コメント中に使えない文字列は、半角の｜と～です。
-C7H14NO3:C4H8NO2 C4H10NO C3H8NP
+&&C7H14NO3:C4H8NO2 C4H10NO C3H8NP
-C4H10NO: C3H8N
+&&C4H10NO: C3H8N
 この行はコメントです。
-C4H10NO: C4H7
+&&C4H10NO: C4H7
 この行は再びコメントです。PPテーブルとwikiテーブルは親イオンに相当する最左列を縦にまとめて表示しない点が異なりますが、まとめてしまうと表全体を列毎にソートすることができないので、縦に列をまとめない仕様にしています。
 }}
 |~|{{#bar:}}}}

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	}}		}}
	<nowiki>}}</nowiki>		<nowiki>}}</nowiki>
		+
		+	=How to Write Annotations=
		+	<pre>
		+	{{MassBank/Matrix\|data=
		+	&&C7H14NO3&&C7H11O3&&C5H8NO2&&C4H8NO2&&C7H13&&C4H10NO&&C6H11&&C6H7&&C4H7O&&C5H9&&C3H8N&&C4H7&&
		+
		+	C7H14NO3:C7H11O3
		+	この行はコメントです。ソースを見てもらえればわかりますが、任意の行数を書くことができます。wikitableの中に配置するので、箇条書きや簡単な見出し表示
		+	#例えばこんな感じ
		+	#も可能です。
		+	; Sample
		+	: This is a pen.
		+	:: This is a pen.
		+	::: This is a pen.
		+	ただし、全てがwiki関数の中で処理されるため表などは作れません。もちろん英語表記もOKです。
		+	コメント中に使えない文字列は、半角の｜と～です。
		+	C7H14NO3:C4H8NO2 C4H10NO C3H8NP
		+	C4H10NO: C3H8N
		+	この行はコメントです。
		+	C4H10NO: C4H7
		+	この行は再びコメントです。PPテーブルとwikiテーブルは親イオンに相当する最左列を縦にまとめて表示しない点が異なりますが、まとめてしまうと表全体を列毎にソートすることができないので、縦に列をまとめない仕様にしています。
		+	}}
		+	</pre>
		+	は以下のアノテーションを出力します。
		+	=Annotations=
		+	{{#replace:
		+	{{#lua:
		+	---print comments---
		+	FORMULA_CHAR = "CHFINOPSl0-9";
		+	ret = ""
		+	comment = "";
		+	head = "";
		+	tail = "";
		+	for line in stdin:gmatch("[%S ,]+") do
		+	repeat
		+	if (string.find(line, "^&&[&%a%d]+&&$") ~= nil) then break end
		+	local h, t = string.match(line, "^&&(["..FORMULA_CHAR.."]+) : (["..FORMULA_CHAR.." ]+)$");
		+	if (h ~= nil and t ~= nil) then
		+	if (comment ~= "") then
		+	ret = ret .."~-\n~~"..head.." ~~ "..tail.."\n~~ "..comment.."\n"
		+	comment = ""
		+	end
		+	head = h; tail = t
		+	break
		+	end
		+	---comment lines---
		+	comment = comment .. line.."\n"
		+	until true
		+	end
		+	if (comment ~= "") then
		+	ret = ret .. "~-\n~~"..head.." ~~ "..tail.."\n~~ "..comment.."\n"
		+	end
		+	if (ret ~= "") then
		+	ret = '{~ class="wikitable sortable"\n!Precursor~~Product~~Comments\n'.. ret ..'~}'
		+	print(ret)
		+	end
		+	\|
		+	&&C7H14NO3&&C7H11O3&&C5H8NO2&&C4H8NO2&&C7H13&&C4H10NO&&C6H11&&C6H7&&C4H7O&&C5H9&&C3H8N&&C4H7&&
		+
		+	C7H14NO3:C7H11O3
		+	この行はコメントです。ソースを見てもらえればわかりますが、任意の行数を書くことができます。wikitableの中に配置するので、箇条書きや簡単な見出し表示
		+	#例えばこんな感じ
		+	#も可能です。
		+	; Sample
		+	: This is a pen.
		+	:: This is a pen.
		+	::: This is a pen.
		+	ただし、全てがwiki関数の中で処理されるため表などは作れません。もちろん英語表記もOKです。
		+	コメント中に使えない文字列は、半角の｜と～です。
		+	C7H14NO3:C4H8NO2 C4H10NO C3H8NP
		+	C4H10NO: C3H8N
		+	この行はコメントです。
		+	C4H10NO: C4H7
		+	この行は再びコメントです。PPテーブルとwikiテーブルは親イオンに相当する最左列を縦にまとめて表示しない点が異なりますが、まとめてしまうと表全体を列毎にソートすることができないので、縦に列をまとめない仕様にしています。
		+	}}
		+	\|~\|{{#bar:}}}}

@@ Line 9: / Line 9: @@
 <br/>
 ;Step2
-:ブラウザの別タブ上でこのページにアクセスし、下のスロットに観測されたイオンのリスト入力します。半角スペース区切りで質量の降順に入力してください。（入力サンプルは消してしまってOKです。)
+:ブラウザの別タブ上でこのページにアクセスし、下のスロットに観測されたイオンのリスト入力します。半角スペース区切りで質量の降順に入力してください。（入力サンプルは消してしまってOKです。)その後、Createボタンを押してください。
 その後、Createボタンを押してください。
 {{#formtag:form|method="post" action="/wiki/Doc:MassBank/PPR"|

@@ Line 1: / Line 1: @@
 __NOTOC__
 =How to Create Precursor-Product Page=
-===Step1===
-作成するページ名が決まったら、ブラウザのhttpアドレスに
+;Step1
 <pre>http://metabolomics.jp/wiki/MassBank:ページ名</pre>
 と入力してください。Edit this pageというリンクを押すとページの編集画面になります。
-===Step2===
+<br/>
-ブラウザの別タブ上でこのページにアクセスし、下のスロットに観測されたイオンのリスト入力します。半角スペース区切りで質量の降順に入力してください。（入力サンプルは消してしまってOKです。)
+;Step2
 その後、Createボタンを押してください。
@@ Line 15: / Line 17: @@
 }}
-===Step3===
+<br/>
-ボタンを押した後に、以下に生成される文字列がページソースの基本です。新規作成したページのソースとしてSaveしてください。
+;Step3
 <nowiki>{{MassBank/Matrix|data=</nowiki><br/>

@@ Line 36: / Line 36: @@
      end
      return t
    end
@@ Line 78: / Line 87: @@
 |{{#get:Ions}}
 }}
-<nowiki>}}</nowiki><br/>
+<nowiki>}}</nowiki>