Aritalab:Lecture/NetworkBiology/Software - Revision history

Adm at 08:04, 29 May 2012

2012-05-29T08:04:36Z

Adm at 03:00, 22 December 2011

2011-12-22T03:00:46Z

Adm at 07:46, 26 May 2011

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Adm: /* Pajek */

2011-05-26T05:56:55Z

‎Pajek

Adm at 05:56, 26 May 2011

2011-05-26T05:56:00Z

Adm at 05:53, 26 May 2011

2011-05-26T05:53:35Z

Adm at 05:30, 26 May 2011

2011-05-26T05:30:35Z

Adm: Created page with "==ソフトウェア== ===Pajek=== ;利用法 # [http://vlado.fmf.uni-lj.si/pub/networks/pajek/ Pajekのサイト]から最新版をダウンロードしてインストールす..."

2011-05-26T05:30:02Z

Created page with "==ソフトウェア== ===Pajek=== ;利用法 # [http://vlado.fmf.uni-lj.si/pub/networks/pajek/ Pajekのサイト]から最新版をダウンロードしてインストールす..."

New page

==ソフトウェア==

===Pajek===
;利用法
# [http://vlado.fmf.uni-lj.si/pub/networks/pajek/ Pajekのサイト]から最新版をダウンロードしてインストールする
# 同じく[http://vlado.fmf.uni-lj.si/pub/networks/data/bio/Yeast/Yeast.htm Pajekのデータサイト]から、酵母のタンパク質相互作用データをダウンロードして解凍する (.net ファイル)
# Pajek を起動し、File → Network → Read から、解凍して出てきた yeast/YeastL.net データを読み込んでみましょう
# Draw → Draw を選択して描画します。最初は、円周上にびっしりリンクが並んだ画像が出てきます。
# Layout メニューから描画アルゴリズムを変更してみます。
# 気に入ったレイアウトがあれば、Export → 2D → Bitmap にして出力します。

@@ Line 5: / Line 5: @@
 # Pajek を起動し、File &rarr; Network &rarr; Read から、解凍して出てきた yeast/YeastL.net データを読み込んでみましょう
 # Draw &rarr; Draw を選択して描画します。最初は、円周上にびっしりリンクが並んだ画像が出てきます
-# Layout メニューから描画アルゴリズムを変更してみます
+## レイアウト変更: Layouts &rarr; 描画アルゴリズム
-# 気に入ったレイアウトがあれば、Export &rarr; 2D &rarr; Bitmap にして出力します
+## 頂点の表示変更: Options &rarr; Mark Vertices Using &rarr; Labels 等
 ;レイアウトの調整

@@ Line 1: / Line 1: @@
-==ソフトウェア==
+==Pajek==
+===利用法===
-===Pajek===
-;利用法
 # [http://vlado.fmf.uni-lj.si/pub/networks/pajek/ Pajekのサイト]から最新版をダウンロードしてインストールします
 # 同じく[http://vlado.fmf.uni-lj.si/pub/networks/data/bio/Yeast/Yeast.htm Pajekのデータサイト]から、酵母のタンパク質相互作用データをダウンロードして解凍します (.net ファイル)
@@ Line 10: / Line 8: @@
 # 気に入ったレイアウトがあれば、Export &rarr; 2D &rarr; Bitmap にして出力します
-;解析法
+;レイアウトの調整
 * 頂点をつまんで移動させることができ、色や表示方法は Option メニューで変更できます
 * Net &rarr; Partitions &rarr; Degree &rarr; All を選択して、各頂点の次数を計算します。計算結果は Info &rarr; Partition や、File &rarr; Partition &rarr; Edit で見られます

@@ Line 20: / Line 20: @@
 ; マニュアル、参考書
-まずはPajekのダウンロードサイトからたどれる日本語の解説などを眺めると良いでしょう。
+とりあえずPajekのダウンロードサイトからたどれる日本語の解説などを眺めると良いでしょう。
-* JAIST　佐藤さんによる [http://ds9.jaist.ac.jp:8080/ResearchData/presen/Pajekman.pdf PDF マニュアル]
+* JAIST　佐藤さんによる [http://ds9.jaist.ac.jp:8080/ResearchData/presen/Pajekman.pdf PDF マニュアル] が詳しくてお勧めです。
-* Pajek の教科書　「Pajekを活用した社会ネットワーク分析」　[http://www.amazon.co.jp/Pajek%E3%82%92%E6%B4%BB%E7%94%A8%E3%81%97%E3%81%9F%E7%A4%BE%E4%BC%9A%E3%83%8D%E3%83%83%E3%83%88%E3%83%AF%E3%83%BC%E3%82%AF%E5%88%86%E6%9E%90-%E3%82%A6%E3%82%AA%E3%82%A6%E3%82%BF%E3%83%BC%E3%83%BB%E3%83%87%E3%83%8E%E3%83%BC%E3%82%A4/dp/4501547103　Amazon.co.jp] Pajekのメニューにある様々な用語の意味が分かります。
+* Pajek の教科書　「Pajekを活用した社会ネットワーク分析」　[http://www.amazon.co.jp/Pajek%E3%82%92%E6%B4%BB%E7%94%A8%E3%81%97%E3%81%9F%E7%A4%BE%E4%BC%9A%E3%83%8D%E3%83%83%E3%83%88%E3%83%AF%E3%83%BC%E3%82%AF%E5%88%86%E6%9E%90-%E3%82%A6%E3%82%AA%E3%82%A6%E3%82%BF%E3%83%BC%E3%83%BB%E3%83%87%E3%83%8E%E3%83%BC%E3%82%A4/dp/4501547103　Amazon.co.jp] はPajekのメニューにある様々な用語の意味が分かりますが、生物学向けに使う人にとっては方向性が全く異なっています。

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 ;解析法
 * Net &rarr; Partitions &rarr; Degree &rarr; All を選択して、各頂点の次数を計算します。計算結果は Info &rarr; Partition や、File &rarr; Partition &rarr; Edit で見られます
 * Net &rarr; Vector &rarr; Clustering Coefficients &rarr; CC1 で、クラスター係数を計算します。結果は Info &rarr; Vector で見られます

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 ; マニュアル、参考書
 * JAIST　佐藤さんによる [http://ds9.jaist.ac.jp:8080/ResearchData/presen/Pajekman.pdf PDF マニュアル]
 * Pajek の教科書　「Pajekを活用した社会ネットワーク分析」　[http://www.amazon.co.jp/Pajek%E3%82%92%E6%B4%BB%E7%94%A8%E3%81%97%E3%81%9F%E7%A4%BE%E4%BC%9A%E3%83%8D%E3%83%83%E3%83%88%E3%83%AF%E3%83%BC%E3%82%AF%E5%88%86%E6%9E%90-%E3%82%A6%E3%82%AA%E3%82%A6%E3%82%BF%E3%83%BC%E3%83%BB%E3%83%87%E3%83%8E%E3%83%BC%E3%82%A4/dp/4501547103　Amazon.co.jp] Pajekのメニューにある様々な用語の意味が分かります。

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	# Layout メニューから描画アルゴリズムを変更してみます		# Layout メニューから描画アルゴリズムを変更してみます
	# 気に入ったレイアウトがあれば、Export → 2D → Bitmap にして出力します		# 気に入ったレイアウトがあれば、Export → 2D → Bitmap にして出力します
		+
		+	;解析法
		+	* Net → Partitions → Degree → All を選択して、各頂点の次数を計算します。計算結果は Info → Partition や、File → Partition → Edit で見られます
		+	* Net → Vector → Clustering Coefficients → CC1 で、クラスター係数を計算します。結果は Info → Vector で見られます
		+	* Net → Path → All shortest で全頂点間の最短経路を計算します
		+
		+	;自分のデータを処理する
		+	* [http://vlado.fmf.uni-lj.si/pub/networks/pajek/howto/excel2pajek.htm Pajekのサイト]に、エクセルデータを .net 形式に変換するプログラムも用意されています
		+
		+	; マニュアル、参考書
		+	* JAIST　佐藤さんによる [http://ds9.jaist.ac.jp:8080/ResearchData/presen/Pajekman.pdf PDF マニュアル]
		+	* Pajek の教科書　「Pajekを活用した社会ネットワーク分析」　[http://www.amazon.co.jp/Pajek%E3%82%92%E6%B4%BB%E7%94%A8%E3%81%97%E3%81%9F%E7%A4%BE%E4%BC%9A%E3%83%8D%E3%83%83%E3%83%88%E3%83%AF%E3%83%BC%E3%82%AF%E5%88%86%E6%9E%90-%E3%82%A6%E3%82%AA%E3%82%A6%E3%82%BF%E3%83%BC%E3%83%BB%E3%83%87%E3%83%8E%E3%83%BC%E3%82%A4/dp/4501547103　Amazon.co.jp] Pajekのメニューにある様々な用語の意味が分かります。