Aritalab:Lecture/Biochem/Database - Revision history

Adm: /* プロテオミクス */

2011-06-09T07:23:15Z

‎プロテオミクス

Adm at 06:31, 9 June 2011

2011-06-09T06:31:32Z

Adm: /* プロテオミクス */

2011-06-08T21:42:15Z

‎プロテオミクス

Adm at 21:38, 8 June 2011

2011-06-08T21:38:46Z

Adm: /* 質量スペクトルのデータベース */

2011-06-02T08:01:48Z

‎質量スペクトルのデータベース

Adm: /* 質量スペクトルのデータベース */

2011-06-02T08:01:33Z

‎質量スペクトルのデータベース

Adm: /* 代謝マップをみるソフトウェア */

2011-06-02T07:50:02Z

‎代謝マップをみるソフトウェア

Adm: /* 化合物のデータベース */

2011-06-02T07:47:21Z

‎化合物のデータベース

Adm: moved Aritalab:Lecture/Biochem/Metabolite to Aritalab:Lecture/Biochem/Database

2011-06-02T07:24:07Z

moved Aritalab:Lecture/Biochem/Metabolite to Aritalab:Lecture/Biochem/Database

Adm: Created page with "==代謝マップをみるソフトウェア== ===[http://kpv.kazusa.or.jp/kpv4/ Kappa View4]=== かずさDNA研究所が開発するカッパビューは、植物の代謝ネ..."

2011-06-02T07:23:49Z

Created page with "==代謝マップをみるソフトウェア== ===[http://kpv.kazusa.or.jp/kpv4/ Kappa View4]=== かずさDNA研究所が開発するカッパビューは、植物の代謝ネ..."

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==代謝マップをみるソフトウェア==

===[http://kpv.kazusa.or.jp/kpv4/ Kappa View4]===
かずさDNA研究所が開発するカッパビューは、植物の代謝ネットワークに遺伝子発現量を投影して解析できるソフトウェアです。

マニュアルは[http://kpv.kazusa.or.jp/kpv4/information/manuals/jp/kpv4_manual_user_v1_0jp.pdf こちら]

;基本的使い方
# サイトからEnterボタンをおしてMap View画面に移動。
# 左のメニューから代謝経路を選択し、Select Speciesボタンを押す。
# 植物種を1つ選択し、Redrawボタンを押す。
# 代謝マップの各酵素に対応する遺伝子番号がわかります。

;自分で解析した遺伝子発現量を貼り付ける
# 上のメニューからTemporary Upload を選び、Sample File Download してみる。
# サンプルファイルの中身でトランスクリプトームデータ (遺伝子発現量が載せてある .csv ファイル) を確認してアップロードする。
##ファイル内容は発現量のテキスト形式です。エクセル形式なので作るのも簡単です。
<pre>
At1g01010 -0.828475158 0.646901298 -1.190483883 -1.077241722 -1.152334507 -1.010858208 0
</pre>
##遺伝子発現量のほかに代謝物や遺伝子発現の相関を可視化することもできます。
# 上のメニューからAnalysisを選び、発現量を見たいセットを選択する。
# 選択したセットを描画する。

===[http://www.genome.ad.jp/kegg/ KEGG]===
京都大学が開発する世界で最も有名な代謝マップデータベースですが、７月から有償化するらしく問題視されています。
単純なキーワード検索やゲノム情報を探すなら、ここが一番便利です。

==化合物のデータベース==
===[http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/ PubChem]===
米国ＮＩＨが力を入れるプロジェクトで、数百万化合物が登録されています。多くの重複がありますが、化合物の物理化学的特徴も入っていて便利です。

===[http://www.chemspider.com/ ChemSpider]===
英国の王立科学会が力を入れるプロジェクトで、ウェブ中のサイトを網羅してまとめ上げているサイトです。検索に非常に時間がかかるのが難点ですが、得られるデータ量は多いです。

===[http://nikkajiweb.jst.go.jp/nikkaji_web/pages/top.html 日化辞]===
日本でＪＳＴが作り上げてきた化合物辞書です。和名が入っているのが一番の強みです。

===[http://kanaya.naist.jp/KNApSAcK_Family/ KNApSAcK]===
奈良先端科学技術大学院大学が開発する、天然物の無償データベースです。

* core ... 植物の学名や代謝物名で検索し、「学名：含まれる代謝物名」がわかるデータベースです。5万化合物の10万関係が登録されています
* lunchbox ... 食品の学名がわかるデータベースです
* world ... 国旗をクリックすると、その国で分析された植物種がわかります
*　まだまだいろいろあります

==質量スペクトルのデータベース==
===[http://massbank.jp/ MassBank]===
研究室の間で質量スペクトルを共有するためのリポジトリです。

@@ Line 68: / Line 68: @@
 ヒトゲノム機構 ([http://www.hugo.org/ HUGO])　にならって結成された組織。雑誌"Molecular & Cellular Proteomics"を発刊。
 下記の国際プロジェクトを取りまとめている。
-* ヒト血漿プロテオームプロジェクト Omenn et al.<ref>Gmenn GS et al 2005 "Overview of the HUPO Plasma Proteome Project: Results from the pilot phase with 35 collaborating laboratories and multiple analytical groups, generating a core dataset of 3020 proteins and a publicly-available database" ''Proteomics'' [http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/pmic.200500358/pdf 5:3226-3245]</ref>
+* ヒト血漿プロテオームプロジェクト Omenn et al.<ref>Omenn GS et al 2005 "Overview of the HUPO Plasma Proteome Project: Results from the pilot phase with 35 collaborating laboratories and multiple analytical groups, generating a core dataset of 3020 proteins and a publicly-available database" ''Proteomics'' [http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/pmic.200500358/pdf 5:3226-3245]</ref>
 * [http://www.hkupp.org/ ヒト腎臓・尿プロテオームプロジェクト]
 ** 尿測定における[http://www.hkupp.org/Urine%20collectiion%20Documents.htm プロトコル]
@@ Line 75: / Line 75: @@
 * などなど
 ==ペプチド==

@@ Line 64: / Line 64: @@
 =プロテオミクス=
 ==ペプチド==
 ===[http://www.peptideatlas.org/ Peptide Atlas]===
@@ Line 70: / Line 82: @@
 ===[http://www.ebi.ac.uk/pride/ Pride]===
 ＥＢＩが提供するデータベース。ペプチド配列で検索するオプションは無い。

@@ Line 64: / Line 64: @@
 =プロテオミクス=
-==[http://www.peptideatlas.org/ Peptide Atlas]==
+==ペプチド==
-システムバイオロジー研究所（シアトル）が提供する、真核細胞のMS/MS実測ペプチドデータベース。スペクトル自体は[http://www.sbeams.org/Proteomics/ SBEAMS]　に格納。
+===[http://www.peptideatlas.org/ Peptide Atlas]===

@@ Line 57: / Line 57: @@
 米国スクリップス研究所が作成するESI-MSスペクトルライブラリです。大変よく整備されており、ウェブ上で化合物のスペクトルを眺めて勉強になります。
-===[http://www.nist.gov/std/nist1a.htm]===
+===[http://www.nist.gov/std/nist1a.htm NIST/AMDIS]===
 米国NISTが作成する標準的なGC-EI-MSスペクトルライブラリです。有償です。GC/MS解析をする人は必ず購入するデータベースです。
 ===[http://massbank.jp/ MassBank]===
 日本で開発する研究室の間で質量スペクトルを共有するためのリポジトリです。

@@ Line 1: / Line 1: @@
 ==代謝マップをみるソフトウェア==
 ===[http://kpv.kazusa.or.jp/kpv4/ Kappa View4]===
 かずさDNA研究所が開発するカッパビューは、植物の代謝ネットワークに遺伝子発現量を投影して解析できるソフトウェアです。
@@ Line 62: / Line 62: @@
 ===[http://massbank.jp/ MassBank]===
 日本で開発する研究室の間で質量スペクトルを共有するためのリポジトリです。

@@ Line 26: / Line 26: @@
 京都大学が開発する世界で最も有名な代謝マップデータベースですが、７月から有償化するらしく問題視されています。
 単純なキーワード検索やゲノム情報を探すなら、ここが一番便利です。
 ==化合物のデータベース==

@@ Line 32: / Line 32: @@
 ===[http://www.chemspider.com/ ChemSpider]===
-英国の王立科学会が力を入れるプロジェクトで、ウェブ中のサイトを網羅してまとめ上げているサイトです。検索に非常に時間がかかるのが難点ですが、得られるデータ量は多いです。
+英国の王立化学会(ROC)が力を入れるプロジェクトで、ウェブ中のサイトを網羅してまとめ上げているサイトです。検索に時間がかかるのが難点ですが、得られるデータ量は多いです。
 ===[http://nikkajiweb.jst.go.jp/nikkaji_web/pages/top.html 日化辞]===