Aritalab:Lecture/Basic/CodonTable - Revision history

Adm: /* 開始、終止コドン */

2012-05-07T15:36:11Z

‎開始、終止コドン

Adm: /* プリン間、ピリミジン間の置換でアミノ酸が変化するのは2箇所だけ */

2012-05-07T15:34:46Z

‎プリン間、ピリミジン間の置換でアミノ酸が変化するのは2箇所だけ

Adm: /* {{Bilingual|コドン表の変化|Variations}} */

2010-12-15T09:49:01Z

‎{{Bilingual|コドン表の変化|Variations}}

Adm: /* {{Bilingual|コドン表の変化|Variations}} */

2010-12-15T09:42:48Z

‎{{Bilingual|コドン表の変化|Variations}}

Adm: /* Codon Table */

2010-12-15T08:19:19Z

‎Codon Table

Adm: /* {{Bilingual|核ゲノム|Nuclear variants}} */

2010-12-15T08:10:56Z

‎{{Bilingual|核ゲノム|Nuclear variants}}

Adm: /* イソロイシン（AUAコドン）の認識機構 */

2010-12-15T08:06:06Z

‎イソロイシン（AUAコドン）の認識機構

Adm: /* Codon Table */

2010-12-15T01:12:01Z

‎Codon Table

Adm: /* 塩基置換によってアミノ酸の性質はあまり変化しない */

2010-12-15T00:28:18Z

‎塩基置換によってアミノ酸の性質はあまり変化しない

Adm: /* Codon Table */

2010-12-15T00:27:51Z

‎Codon Table

@@ Line 81: / Line 81: @@
 後述するように、UGAはトリプトファンを含むアミノ酸をコードする場合があり、AUAは複雑な認識機構でイソロイシンをコードします。つまりこの2箇所は、それなりの理由があって（トランジション変異でアミノ酸が変化するという）不都合を許していると考えられます。
-===開始、終止コドン===
+===開始コドンがメチオニンとは限らず、終止コドンが3種とは限らない===
 ;開始コドン
 生物の多くは AUG （メチオニン）を開始コドンとします。

@@ Line 79: / Line 79: @@
 ====プリン間、ピリミジン間の置換でアミノ酸が変化するのは2箇所だけ====
 UGA (STOP) と UGG (Trp)、および AUA (Ile) と AUG (Met) だけは、コドン3塩基目のトランジション変異 (A&harr;G) によってアミノ酸が変わってしまいます。
-後述するように、UGAはトリプトファンを含むアミノ酸をコードする場合があり、AUAは複雑な認識機構でイソロイシンをコードします。
+後述するように、UGAはトリプトファンを含むアミノ酸をコードする場合があり、AUAは複雑な認識機構でイソロイシンをコードします。つまりこの2箇所は、それなりの理由があって（トランジション変異でアミノ酸が変化するという）不都合を許していると考えられます。
 ===開始、終止コドン===

← Older revision		Revision as of 09:49, 15 December 2010
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	=={{Bilingual\|コドン表の変化\|Variations}}==		=={{Bilingual\|コドン表の変化\|Variations}}==
		+	Data sources
		+	* [http://130.14.29.110/Taxonomy/Utils/wprintgc.cgi?mode=c NCBI resource]
		+	* [http://wwwsoc.nii.ac.jp/jsp/pdf-files/15CodonUsage.pdf Algae]
	==={{Bilingual\|核ゲノム\|Nuclear variants}}===		==={{Bilingual\|核ゲノム\|Nuclear variants}}===

@@ Line 138: / Line 138: @@
 | style="background:plum"| <br/>UUY<br/>Phe
 | style="background:plum"| UAY<br/>Tyr
-| style="background:red"| UAR<br/>STOP<ref name="uar">'''STOP &rarr; Gln''' <br/> Diplomonads, ''Acetabularia'', Ciliates<br/>'''STOP &rarr; Cys/Trp'''<br/> ''Euplotes, Mycoplasma, Spiroplasma''</ref>
+| style="background:red"| UAR<br/>STOP<ref>'''UAR &rarr; Gln''' <br/> Diplomonads, ''Acetabularia'', Ciliates</ref>
 | style="background:mistyrose"| GAR<br/>Glu
 | style="background:mistyrose"| GAY<br/>Asp
@@ Line 145: / Line 145: @@
 |colspan="2" rowspan="2" style="background:aquamarine"| UCN<br/>Ser
 |rowspan="2"| UGY<br/>Cys
-|style="background:red"| UGA<br/>STOP<ref name="uar"/>
+|style="background:red"| UGA<br/>STOP<ref>'''UGA &rarr; Cys/Trp'''<br/> ''Euplotes, Mycoplasma, Spiroplasma''</ref>
 |colspan="2" rowspan="2"| GGN<br/>Gly
 |colspan="2" rowspan="2"| GCN<br/>Ala
@@ Line 171: / Line 171: @@
 |-
 | style="background:orange"| CUG<br/>Leu<ref>'''CUG &rarr; Ser'''<br/> ''Candida, Saccharomyces''</ref>
 | AUG<br/>Met
 |}

@@ Line 51: / Line 51: @@
 |-
 |colspan="2"| <br/>'''CC'''N<br/>Proline<br/>Pro
-|colspan="2" style="background:lightBlue"| '''CG'''N<br/>Arginine<br/>Arn
+|colspan="2" style="background:lightBlue"| '''CG'''N<br/>Arginine<br/>Arg
-|style="background:lightBlue"| '''AG'''R<br/>Arginine<br/>Arn
+|style="background:lightBlue"| '''AG'''R<br/>Arginine<br/>Arg
 |style="background:aquamarine"| '''AG'''Y<br/>Serine<br/>Ser
 |colspan="2" style="background:aquamarine"| '''AC'''N<br/>Threonine<br/>Thr

@@ Line 161: / Line 161: @@
 |style="background:gray"|AGA<br/>Arg<ref>'''AGA &rarr; Nonsense'''<br/> ''Micrococcus</ref>
 |-
-|colspan="2" rowspan="2" style="background:tan"| CUN<br/>Leu
+|rowspan="2" style="background:tan"| CUY<br/>Leu
 |rowspan="2" style="background:lightBlue"| CAY<br/>His
 |rowspan="2" style="background:#FF99FF"| CAR<br/>Gln
@@ Line 168: / Line 169: @@
 |rowspan="2" style="background:tan"| AUY<br/>Ile
 |style="background:gray"| AUA<br/>Ile<ref>'''AUA &rarr; Nonsense'''<br/>''Micrococcus''</ref>
 |-
 | AUG<br/>Met
 |}

← Older revision		Revision as of 08:06, 15 December 2010
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	<references/>		<references/>
		+
		+	=={{Bilingual\|コドン表の変化\|Variations}}==
		+	==={{Bilingual\|核ゲノム\|Nuclear variants}}===
		+
		+	{\|
		+	\|
		+	{\| class="wikitable" style="text-align:center"
		+	\| style="background:tan"\| UUR<br/>Leu
		+	\| style="background:plum"\| <br/>UUY<br/>Phe
		+	\| style="background:plum"\| UAY<br/>Tyr
		+	\| style="background:red"\| UAR<br/>STOP<ref name="uar">'''STOP → Gln''' <br/> Diplomonads, ''Acetabularia'', Ciliates<br/>'''STOP → Cys/Trp'''<br/> ''Euplotes, Mycoplasma, Spiroplasma''</ref>
		+	\| style="background:mistyrose"\| GAR<br/>Glu
		+	\| style="background:mistyrose"\| GAY<br/>Asp
		+	\| colspan="2" style="background:tan"\| GUN<br/>Val
		+	\|-
		+	\|colspan="2" rowspan="2" style="background:aquamarine"\| UCN<br/>Ser
		+	\|rowspan="2"\| UGY<br/>Cys
		+	\|style="background:red"\| UGA<br/>STOP<ref name="uar"/>
		+	\|colspan="2" rowspan="2"\| GGN<br/>Gly
		+	\|colspan="2" rowspan="2"\| GCN<br/>Ala
		+	\|-
		+	\| UGG<br/>Trp
		+	\|-
		+	\|colspan="2" rowspan="2"\| <br/>CCN<br/>Pro
		+	\|style="background:lightBlue" rowspan="2"\| '''CG'''Y<br/>Arg
		+	\|style="background:gray"\|CGG<br/>Arg<ref>'''CGG → Nonsense'''<br/> ''Mycoplasma, Spiroplasma''</ref>
		+	\|style="background:lightBlue"\| AGG<br/>Arg
		+	\|style="background:aquamarine" rowspan="2"\| AGY<br/>Ser
		+	\|colspan="2" style="background:aquamarine" rowspan="2"\| ACN<br/>Thr
		+	\|-
		+	\|style="background:lightBlue"\| CGA<br/>Arg
		+	\|style="background:gray"\|AGA<br/>Arg<ref>'''AGA → Nonsense'''<br/> ''Micrococcus</ref>
		+	\|-
		+	\|colspan="2" rowspan="2" style="background:tan"\| CUN<br/>Leu
		+	\|rowspan="2" style="background:lightBlue"\| CAY<br/>His
		+	\|rowspan="2" style="background:#FF99FF"\| CAR<br/>Gln
		+	\|rowspan="2" style="background:lightBlue"\| AAR<br/>Lys
		+	\|rowspan="2" style="background:#FF99FF"\| AAY<br/>Asn
		+	\|rowspan="2" style="background:tan"\| AUY<br/>Ile
		+	\|style="background:gray"\| AUA<br/>Ile<ref>'''AUA → Nonsense'''<br/>''Micrococcus''</ref>
		+
		+	\|-
		+	\| AUG<br/>Met
		+	\|}
		+	\|valign="top"\|
		+	<references/>
		+	\|}

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 {| class="wikitable" style="text-align:center"
-|width="15%" style="background:tan"| '''UU'''R<br/>Leucine
+|width="15%" style="background:tan"| '''UU'''R<br/>Leucine<br/>Leu
-|width="15%" style="background:plum"| <br/>'''UU'''Y<br/>Phenylalanine<br/>&nbsp;
+|width="15%" style="background:plum"| <br/>'''UU'''Y<br/>Phenylalanine<br/>Phe
-|width="15%" style="background:plum"| '''UA'''Y<br/>Tyrosine
+|width="15%" style="background:plum"| '''UA'''Y<br/>Tyrosine<br/>Tyr
 |width="15%" style="background:lightgray"| '''UA'''R<br/>STOP
-|width="15%" style="background:mistyrose"| '''GA'''R<br/>Glutamic acid
+|width="15%" style="background:mistyrose"| '''GA'''R<br/>Glutamic acid<br/>Glu
-|width="15%" style="background:mistyrose"| '''GA'''Y<br/>Aspartic acid
+|width="15%" style="background:mistyrose"| '''GA'''Y<br/>Aspartic acid<br/>Asp
-|width="30%" colspan="2" style="background:tan"| '''GU'''N<br/>Valine
+|width="30%" colspan="2" style="background:tan"| '''GU'''N<br/>Valine<br/>Val
 |-
-|colspan="2" rowspan="2" style="background:aquamarine"| '''UC'''N<br/>Serine
+|colspan="2" rowspan="2" style="background:aquamarine"| '''UC'''N<br/>Serine<br/>Ser
-|rowspan="2"| '''UG'''Y<br/>Cysteine
+|rowspan="2"| '''UG'''Y<br/>Cysteine<br/>Cys
 |style="background:lightgray"| '''UG'''A<br/>STOP
-|colspan="2" rowspan="2"| '''GG'''N<br/>Glycine
+|colspan="2" rowspan="2"| '''GG'''N<br/>Glycine<br/>Gly
-|colspan="2" rowspan="2"| '''GC'''N<br/>Alanine
+|colspan="2" rowspan="2"| '''GC'''N<br/>Alanine<br/>Ala
 |-
 | '''UG'''G<br/>Tryptophan
 |-
-|colspan="2"| <br/>'''CC'''N<br/>Proline<br/>&nbsp;
+|colspan="2"| <br/>'''CC'''N<br/>Proline<br/>Pro
-|colspan="2" style="background:lightBlue"| '''CG'''N<br/>Arginine
+|colspan="2" style="background:lightBlue"| '''CG'''N<br/>Arginine<br/>Arn
-|style="background:lightBlue"| '''AG'''R<br/>Arginine
+|style="background:lightBlue"| '''AG'''R<br/>Arginine<br/>Arn
-|style="background:aquamarine"| '''AG'''Y<br/>Serine
+|style="background:aquamarine"| '''AG'''Y<br/>Serine<br/>Ser
-|colspan="2" style="background:aquamarine"| '''AC'''N<br/>Threonine
+|colspan="2" style="background:aquamarine"| '''AC'''N<br/>Threonine<br/>Thr
 |-
-|colspan="2" rowspan="2" style="background:tan"| '''CU'''N<br/>Leucine
+|colspan="2" rowspan="2" style="background:tan"| '''CU'''N<br/>Leucine<br/>Leu
-|rowspan="2" style="background:lightBlue"| '''CA'''Y<br/>Histidine
+|rowspan="2" style="background:lightBlue"| '''CA'''Y<br/>Histidine<br/>His
-|rowspan="2" style="background:#FF99FF"| '''CA'''R<br/>Glutamine
+|rowspan="2" style="background:#FF99FF"| '''CA'''R<br/>Glutamine<br/>Gln
-|rowspan="2" style="background:lightBlue"| '''AA'''R<br/>Lysine
+|rowspan="2" style="background:lightBlue"| '''AA'''R<br/>Lysine<br/>Lys
-|rowspan="2" style="background:#FF99FF"| '''AA'''Y<br/>Asparagine
+|rowspan="2" style="background:#FF99FF"| '''AA'''Y<br/>Asparagine<br/>Asn
-|rowspan="2" style="background:tan"| '''AU'''Y<br/>Isoleucine
+|rowspan="2" style="background:tan"| '''AU'''Y<br/>Isoleucine<br/>Ile
-|style="background:tan"| '''AU'''A<br/>Isoleucine
+|style="background:tan"| '''AU'''A<br/>Isoleucine<br/>Ile
 |-
-| '''AU'''G<br/>Methionine
+| '''AU'''G<br/>Methionine<br/>Met
 |}

@@ Line 75: / Line 75: @@
 * <span style="background:aquamarine">緑色</span>: 水酸基を持つ中性アミノ酸 (Ser, Thr)
 * <span style="background:plum">紫色</span>: ベンゼン環を持つアミノ酸 (Phe, Tyr)
-* <span style="background:tan">茶色</span>: 分岐アミノ酸 (Val, Leu, Ile) コドンの二番目にUがきます。
+* <span style="background:tan">茶色</span>: 分岐アミノ酸 (Val, Leu, Ile) コドンの二番目にU
 ====プリン間、ピリミジン間の置換でアミノ酸が変化するのは2箇所だけ====

@@ Line 58: / Line 58: @@
 |colspan="2" rowspan="2" style="background:tan"| '''CU'''N<br/>Leucine
 |rowspan="2" style="background:lightBlue"| '''CA'''Y<br/>Histidine
-|rowspan="2"| '''CA'''R<br/>Glutamine
+|rowspan="2" style="background:#FF99FF"| '''CA'''R<br/>Glutamine
 |rowspan="2" style="background:lightBlue"| '''AA'''R<br/>Lysine
-|rowspan="2"| '''AA'''Y<br/>Asparagine
+|rowspan="2" style="background:#FF99FF"| '''AA'''Y<br/>Asparagine
 |rowspan="2" style="background:tan"| '''AU'''Y<br/>Isoleucine
 |style="background:tan"| '''AU'''A<br/>Isoleucine
@@ Line 70: / Line 70: @@
 ===コドン表の特徴===
 ====塩基置換によってアミノ酸の性質はあまり変化しない====
-* <span style="background:mistyrose">ピンク色</span>の部分は酸性アミノ酸 (Asp, Glu) です。
+* <span style="background:mistyrose">桜色</span>: 酸性アミノ酸 (Asp, Glu)
-* <span style="background:lightblue">水色</span>の部分は塩基性アミノ酸 (Lys, Arg, His) です。
+* <span style="background:#ff99ff">ピンク色</span>: アミド基アミノ酸 (Asn, Gln)
-* <span style="background:aquamarine">緑色</span>の部分は水酸基を持つ中性アミノ酸 (Ser, Thr) です。
+* <span style="background:lightblue">水色</span>: 塩基性アミノ酸 (Lys, Arg, His)
-* <span style="background:plum">紫色</span>の部分はベンゼン環を持つアミノ酸 (Phe, Tyr) です。
+* <span style="background:aquamarine">緑色</span>: 水酸基を持つ中性アミノ酸 (Ser, Thr)
-* <span style="background:tan">茶色</span>の部分は分岐アミノ酸 (Val, Leu, Ile)　です。コドンの二番目にUがきます。
+* <span style="background:plum">紫色</span>: ベンゼン環を持つアミノ酸 (Phe, Tyr)
 ====プリン間、ピリミジン間の置換でアミノ酸が変化するのは2箇所だけ====
@@ Line 85: / Line 86: @@
 真正細菌や古細菌は、GUG（バリン）、 AUA（イソロイシン）、UUG（ロイシン）も開始コドンとして使用する場合があります。
-真正細菌、バクテリア、ミトコンドリア、クロロプラストでは開始コドンのAUGがN-ホルミルメチオニン (N-formylmethionine) に対応しますが、真核生物（オルガネラを除く）や古細菌では通常のメチオニンに対応します。ホルミル化は、 methionyl-tRNA formyltransferase という酵素によってtRNA(fMet)にメチオニンが付加された後に行なわれます。メチオニンのtRNAであるtRNA(Met)に対してホルミル化は行なわれません。
+;N-ホルミルメチオニン (N-formylmethionine)
 ;終止コドン